2007、2010、2013 年連續三次榮獲衛生署評核衛生財團法人「特優」殊榮，獲頒「三冠王－特優獎」殊榮。

衛生福利部於 2007、2010、2013年針對管轄的172家衛生財團法人進行評核，評核內容包含單位財務與會計狀況、單位之目的事業推展情形與是否具特殊創新，以及單位在服務模式、工作方法、財務處理等項目對外公開程度。

本會連續三屆獲評為最高等級『特優』(評核總分達 90 分以上)。國內172家衛生財團法人中，僅有包含本會在內的8家財團法人連續三屆皆榮獲最高評比等級 ( 4.7% )。衛生福利部邱文達部長於 2013 年 12 月 05 日假衛生福利部頒發獎勵狀以茲鼓勵。

蓮花基金會落實對的誠信以對，財務資料及執行工作等資料檔案整理上有一套清楚、詳細的辦理機制，不負十方大眾捐款支持本會推展業務的信任。